他满腔热忱，把复仇的希望寄托在了弘光小朝廷身上，撰成《军制论》、《形势论》、《田功论》、《钱法论》，即著名的“乙酉四论”，为行朝出谋划策，针对南京政权军政废弛及明末种种弊端，从军事战略、兵力来源和财政整顿等方面提出了一系列建议……
可惜，正当顾炎武欲赴南京就职，尚未到达时，南京即为清兵攻占，弘光帝被俘，南明军崩溃，清军铁骑直指苏杭。
其时，江南各地抗清义军纷起，顾炎武和挚友归庄、吴其沆等人投笔从戎，参加了佥都御史王永柞为首的一支义军，可惜不敌气焰正炽的八旗精锐，义军刚攻进苏州城即遇伏而溃，松江、嘉定亦相继陷落。
顾炎武潜回昆山，又与杨永言、归庄等守城拒敌，不数日昆山失守，死难者多达四万，吴其沆战死，顾炎武生母何氏右臂被清兵砍断，两个弟弟被杀，炎武本人则因城破之前已往语濂径而侥幸得免。
九天后，常熟陷落，炎武嗣母王氏闻变，乃绝食殉国，临终嘱咐炎武，说：“虽说我是一个妇人，与国俱亡，那也是一种大义，你不是他国的臣子，不辜负世代国恩浩荡，不忘记先祖的遗训，那么我就可以长眠地下了。”
这年闰六月，明宗室唐王朱聿键在福州称帝，年号隆武，经大学士路振飞推荐，隆武帝遥授炎武为兵部职方司主事。
由于嗣母新丧，炎武一时难以赴任，便偕同前兵科给事中陈子龙等暗中策动清将吴胜兆举义反正，后因事情败露，子龙等被逮遇害，炎武多方营救未成，孤身离家出亡避祸……
虽因弘光、隆武等南明政权先后瓦解，炎武亲身参与的抗清活动也一再受挫，但是，此时年仅三十二岁的顾炎武并未因此而颓丧，他誓不损节，不为清朝服务。
每年端午节，他总是在门前悬挂一块红色的蔓菁，在里面塞上一点蒜青，并在后面挂一块白布，白布上写着“避青”二字，意思是“不直国朝恶而避之”。
因此事，人们称他为“避青先生”。
去年（1650年），因乡党叶方恒等人的陷害，顾炎武只得“稍稍去鬓毛，改容作商贾”，更名为商人蒋山佣，离开昆山出走避祸……
此后一年多来，尽管遁迹商贾，居无定所，但因极善治财，故而炎武的经济并不拮据。
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