FBI探员朱蒂，赤井秀一的前女友来到日本调查贝尔摩德。
不久后赤井秀一也来到日本。
……
板仓卓被杀，江户川柯南冒充板仓卓与伏特加接头，但是被你识破，险些被你抓到。
贝尔摩德利用幽灵船活动，试图引开江户川柯南，杀死雪莉，此次行动失败，卡尔瓦多斯被赤井秀一打伤，自杀，贝尔摩德挟持江户川柯南逃离，江户川柯南得知了BOSS邮件特殊的按键音《七个孩子》
贝尔摩德向你隐瞒了江户川和灰原的事情。
再之后就是本堂瑛海，在行动中，你被赤井秀一狙击受伤，本堂瑛海重伤，被FBI抓捕，FBI调查出伊森·本堂的真实身份，本堂瑛海为了本堂瑛佑成为FBI的线人。
在FBI的计划下，本堂瑛海返回组织，为了使其取得信任，赤井秀一假死，化名冲矢昂住在工藤宅。
贝尔摩德易容成赤井务武，诱杀MI6赤井玛丽，赤井玛丽变小。
……”
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