不过在接下来二战的混乱中，东方快车再次停运，同时大量的车厢被破坏或者是下落不明，但是在战争结束后，列车又恢复了运营。
1947年，巴黎到伊斯坦布尔的铁路首先恢复了运营，接着在1951年连上了雅典，可惜的是列车不再像站前那样组织有序，保养良好，同时工作人员也没有配齐.
同时冷战的降临也会列车的运营带去了极大的问题，人为制造的各种障碍让这列车的运营速度大大下降，同时统一运营方消失不见令列车的服务质量也肉眼可见的下降。
1962年，开往维也纳和布达佩斯的经典东方快车失去了官方承认的奢华地位，但仍在运行，辛普伦东方快车也只在巴黎和萨勒格布之间运营。
只有一列被称作东方直达车的廉价列车继续从巴黎开向伊斯坦布尔和雅典，无论是服务还是餐饮的质量都远不能和二战之前相比。
1977年5月19日，最后一列东方快车是离巴黎的里昂车站，很多人认为这是这个传奇列车的落幕，但实际上原版东方快车仍然在巴黎，维也纳和布达佩斯之间运行。
1995年以后，这一列车变成了欧洲夜车网络的一部分，但是用更现代化也更平民化的普通卧铺包厢，并在2001年行程缩短到巴黎到维也纳之间，接着目标又变成了法德边境的斯特拉斯堡。
最终在2009年12月，欧洲夜车旗下的东方快车永久性停运，在运行了126年之后，传奇彻底的落幕，航空和高铁的发展为这列经典的快车画上了最后一个句号。
根据梁恩的判断，他们现在找到的这些列车就是在二战中失踪的那部分东方快车车厢，更令他们惊喜的是，旁边隧道箱子里装满了列车车厢内绝大部分原装的装饰和家具。
“这些列车车厢来自于二战的时候德国人尝试在巴尔干半岛上运行的列车部分，只不过在南斯拉夫游击队多次袭击之后，德国人只能放弃这一计划。”
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