首先是军统的人干掉了青帮大佬季云卿，特工总部便开始展开了疯狂的报复，双方相互残杀。
在此过程中，戴老板手下大将王倒戈，军统青岛特工站被一举摧毁，把戴笠气得暴跳，后来杜的大管家万墨林又被特工总部抓住用刑，使得戴笠和杜月笙大为担忧，因为王墨林相当于是戴笠方面在上海安插的一个联络人的角色。中统也安排了女特工郑苹如色诱暗杀宁广胜。
在上海的一系列角逐中，特工总部明显占了上风，声称自己左手消灭蓝衣社，右手打到CC团，特工总部至此进入全盛时期。
直到太平洋战争爆发，上海租界全面沦陷，特工总部占据了整个上海地区，军统局上海区的老窝也被端了，中统军统和特工总部的斗争只得转为地下。
抗日战争陷入僵持阶段时，日本急于从中国战场抽身出来专注在太平战场上，此时日本一方面采取了更大的诱降措施，一方面加紧掠夺物资以支持其在太平洋战争中消耗。
由此，日军提出名为“清乡”的军事行动。日伪掌控的地区主要是在大中城市及交通要道上，苏浙皖三省的广大农村还有新四军等抗日武装在活跃。
“清乡”的目的主要就是针对军队，同时借此名义搜刮物资钱财。首先得到了日本方面的支持，其后又活动了汪派，得到了汪派的支持，顺利得到了“清乡”的大权。
清乡运动臭名昭著，其中有件事情值得一提，在清乡运动时，战略转移向苏北地区，伪报纸大肆吹嘘战果，说伪军歼敌多少多少，其实是在撤退之后，伪军抓不到人，便拿老百姓来充数，大批普通百姓被杀害。
而特工总部一直有一只眼睛，在无时无刻不再关注。
这只眼睛就是沈千舟。
虽然他这个督查没有实权，却每日出入特工总部。
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